we flashu nie ma możliwości uploadu wielu plików naraz (jest jakaś zewnętrzna biblioteka, która to umożliwia, ale testowałem ją kiedyś i mocno niedomagała).
musisz wywołać fileReference.upload(), podając w parametrze obiekt URLRequest, który będzie definiować szczegóły wywołania. a jeśli chcesz uploadować wiele plików, to musisz założyć nasłuch na fileReference na Event.COMPLETE i w metodzie obsługi zdarzenia odpalać upload kolejnego pliku, i tak aż do końca.
to jest kompletnie nieprawidłowe:
file = FileReference(selectedFileArray[i]);
pliczki = pliczki + "nowyplik" + i + "=" + file + "&";
"pliczki" to string, doklejasz do niego obiekt niebędący stringiem, jak sobie wyobrażasz całość po sklejeniu? podpowiem: fileReference().toString() zwraca ciąg "[object FileReference]".
w hipotetycznym przypadku, kiedy byłoby to prawidłowe, to i tak GETem nie możesz wysłać więcej, niż 255 znaków (teoretycznie można znacznie więcej, większość przeglądarek obsługuje okolice kilkudziesięciu kB, ale w RFC jest to określone jako 255 bajtów, poza tym serwer jeszcze musi obsługiwać żądania o tak wielkim rozmiarze).