Praca na modułach - pomoc

Praca na modułach - pomoc
ułom123
U1
ułom123
U1
  • Rejestracja:ponad 6 lat
  • Ostatnio:około 6 lat
  • Postów:2
0

Witam, mam problem z napisaniem programu dla tego zadania:
"Napisz program, który pobiera od użytkownika maksymalna długość DNA, lecz nie mniejszą niż 9, program pyta do skutku aż poda min.9. Następnie generuje losową sekwencje DNA o losowej długości, niezerowej i nieprzekraczającej maksymalnej liczy oraz podzielnej przez 3. Dodaje kodon start( ATG). Następnie dzieli sekwencje na kodony i wprowadza losowe pojedyncze mutacje w 3 innych, losowych kodonach. Jeśli ocalał kodon start wyświetla końcową sekwencje. Jeśli mutacje naruszyły kodon start, należy napisać, że nie udało się stworzyć genu. Mutacje można wprowadzić małymi literami."

Starałam się sama napisać, aczkolwiek na tym poziomie kończą się moje umiejętności z pisania programu:

Kopiuj
from random import choice
from random import randint
import random

dlug=int(raw_input("Podaj maksymalna dlugosc sekwencji, minimum 9: "))
while dlug < 9:
    dlug=int(raw_input("Podaj dlugosc sekwencji MINIMUM 9: "))

losseq_mut=""

nuk = ["A","C","T","G"]
mutacja = ["a","c","t","g"]
losseq_mut=""
y=1
while y%3!=0:
    y=random.randint(1,dlug)
losseq=""
for k in range(y):
    losseq+=choice(nuk)
dna="ATG"+losseq
for j in range(0,len(dna),3):
    print dna[j:j+3]

u=int(y)+3
print "Dlugosc wylosowanej sekwencji z kodonem start wynosi %i" %(u)

t=random.randint(0,u)        
r=random.randint(0,u)
e=random.randint(0,u)
while r==t:
    r=random.randint(0,u)

while e==t or e==r:
    e=random.randint(0,u)
                
for s in range(len(dna)):
            
    if s == t or s == e or s == r:
        losseq_mut+=choice(mutacja)
    else:
        losseq_mut+=dna[s]
                
if losseq_mut.startswith("ATG"):
    print losseq_mut
else:
    print "nie udalo sie"

Jedynie czego nie wiem jak zrobić to to, aby nie było więcej niż 1 mutacja w kodonie. Będę wdzięczna za pomoc!!`

edytowany 2x, ostatnio: ułom123
KO
fajny nick xD
Udostępnij
Kopiuj link do postu Kopiuj link do postu jako Markdown
Komentuj
AsterFV
AF
AsterFV
AF
  • Rejestracja:prawie 7 lat
  • Ostatnio:2 dni
  • Postów:172
0

To co zrobiłaś do tej pory ma sens ale zaproponuję parę poprawek.

Kopiuj
losseq_mut=""
 
nuk = ["A","C","T","G"]
mutacja = ["a","c","t","g"]
losseq_mut=""

Wielokrotnie definiujesz losseq_mut. nuk można przechowac jako string (string w Pythonie możemy iterować jak listę). mutacja to po prostu nuk.lower() - na razie to ominę (później wskażę dlaczego):

Kopiuj
nuk = 'ACTG'
Kopiuj

y=1
while y%3!=0:
    y=random.randint(1,dlug)

Działa ale da się sprytniej. Jeżeli chcemy tylko losowe podzielne przez 3 liczby mniejsze od dlug - to zgodnie z matematyką będą to tylko wielokrotności 3 mieszczące się w dlug. Wystarczy więc podzielić dlug i zaokrąglić w dół aby uzyskać liczbę 3. Wylosować liczbę od 1 do tej liczby i pomnożyć przez 3. Przykład:

Kopiuj
y = random.randint(1, dlug//3) * 3
Kopiuj
losseq=""
for k in range(y):
    losseq+=choice(nuk)

Stringi w Pythonie sa immutable - oznacza to, że nie możemy ich zmieniać. Zapis += nie dodaje do istniejącego stringa a po prostu tworzy nowy string ze starego i nowego. Dlatego wydajniej jest napisać:

Kopiuj
losseq = ''.join(choice(nuk) for k in range(y))

Co do samego problemu "Jedynie czego nie wiem jak zrobić to to, aby nie było więcej niż 1 mutacja w kodonie" - wystarczy traktować sekwencję jako listę kodonów i wybrać losowo 3 kodony i dokonać jednej zmiany. Podział w zasadzie już masz:

Kopiuj
dna="ATG"+losseq
for j in range(0,len(dna),3):
    print dna[j:j+3]

Zamień to na listę kodonow:

Kopiuj
dna = ['ATG']
for j in range(0,len(losseq),3):
   dna.append(losseq[j:j+3])
print(dna)
print "Dlugosc wylosowanej sekwencji z kodonem start wynosi %i" %(len(dna)*3)
Kopiuj
t=random.randint(0,u)        
r=random.randint(0,u)
e=random.randint(0,u)
while r==t:
    r=random.randint(0,u)
 
while e==t or e==r:
    e=random.randint(0,u)

Żeby wybrać 3 losowe liczby, które są od siebie różne można zastosować poniższy sposób. Wybiera 3 próbki z podanej listy/generatora - tutaj range z len(dna):

Kopiuj
t,r,e = random.sample(range(len(dna)), 3)

Teraz możemy po prostu odnieść się do 3 wybranych indeksów. Uzyłem zapisu z kodon[:i] + ran.. ponieważ jak wspomniałem nie możemy modyfikowac stringow a jedynie tworzyc nowe na podstawie obecnych :

Kopiuj
def mutate(kodon, mutations):
   i = random.randint(0, 3)
   return kodon[:i] + random.choice(mutations) + kodon[i+1:]

dna[t] = mutate(dna[t], nuk.lower())
dna[r] = mutate(dna[r], nuk.lower())
dna[e] = mutate(dna[e], nuk.lower())

I potem wystarczy sprawdzic czy dna[0]=='ATG'.

edytowany 1x, ostatnio: AsterFV
Udostępnij
Kopiuj link do postu Kopiuj link do postu jako Markdown
Komentuj
AsterFV
AF
AsterFV
AF
  • Rejestracja:prawie 7 lat
  • Ostatnio:2 dni
  • Postów:172
1

Ostatecznie:

Kopiuj
import random

def mutate(kodon, mutations):
   i = random.randint(0, 3)
   return kodon[:i] + random.choice(mutations) + kodon[i+1:]
 
dlug=int(raw_input("Podaj maksymalna dlugosc sekwencji, minimum 9: "))
while dlug < 9:
    dlug=int(raw_input("Podaj dlugosc sekwencji MINIMUM 9: "))
 
 
nuk = 'ACTG'
y = random.randint(1, dlug//3) * 3

losseq = ''.join(random.choice(nuk) for k in range(y))

dna = ['ATG']
for j in range(0,len(losseq),3):
   dna.append(losseq[j:j+3])
print(dna)
print "Dlugosc wylosowanej sekwencji z kodonem start wynosi %i" %(len(dna)*3)
 
random_indexes = random.sample(range(len(dna)), 3)
for index in random_indexes:
  dna[index] = mutate(dna[index], nuk.lower())
 
if dna[0]=="ATG":
    print (dna)
else:
    print ("nie udalo sie")

Literówki i drobne błędy jak najbardziej możliwe - sprawdź.

edytowany 3x, ostatnio: AsterFV
AF
Oczywiście można tez po prostu sprawdzić czy w random_indexes nie mamy 0 - bo jak mamy to oznacza, że mutujemy kodon start i wtedy nic się nie uda ;) Bez znaczenia dla 3 mutacji ale przy setkach+ lepiej sprawdzić tego typu warunki przed przeprowadzeniem mutacji.
Udostępnij
Kopiuj link do postu Kopiuj link do postu jako Markdown
Komentuj
Treść
Podgląd
Kliknij, aby dodać treść...
Kliknij, aby dodać załącznik lub wklej ze schowka.
Instrukcja obsługi Markdown
Pomoc 1.18.8

Typografia

Edytor obsługuje składnie Markdown, w której pojedynczy akcent *kursywa* oraz _kursywa_ to pochylenie. Z kolei podwójny akcent **pogrubienie** oraz __pogrubienie__ to pogrubienie. Dodanie znaczników ~~strike~~ to przekreślenie.

Możesz dodać formatowanie komendami , , oraz .

Ponieważ dekoracja podkreślenia jest przeznaczona na linki, markdown nie zawiera specjalnej składni dla podkreślenia. Dlatego by dodać podkreślenie, użyj <u>underline</u>.

Komendy formatujące reagują na skróty klawiszowe: Ctrl+B, Ctrl+I, Ctrl+U oraz Ctrl+S.

Linki

By dodać link w edytorze użyj komendy lub użyj składni [title](link). URL umieszczony w linku lub nawet URL umieszczony bezpośrednio w tekście będzie aktywny i klikalny.

Jeżeli chcesz, możesz samodzielnie dodać link: <a href="link">title</a>.

Wewnętrzne odnośniki

Możesz umieścić odnośnik do wewnętrznej podstrony, używając następującej składni: [[Delphi/Kompendium]] lub [[Delphi/Kompendium|kliknij, aby przejść do kompendium]]. Odnośniki mogą prowadzić do Forum 4programmers.net lub np. do Kompendium.

Wspomnienia użytkowników

By wspomnieć użytkownika forum, wpisz w formularzu znak @. Zobaczysz okienko samouzupełniające nazwy użytkowników. Samouzupełnienie dobierze odpowiedni format wspomnienia, zależnie od tego czy w nazwie użytkownika znajduje się spacja.

Znaczniki HTML

Dozwolone jest używanie niektórych znaczników HTML: <a>, <b>, <i>, <kbd>, <del>, <strong>, <dfn>, <pre>, <blockquote>, <hr/>, <sub>, <sup> oraz <img/>.

Skróty klawiszowe

Dodaj kombinację klawiszy komendą notacji klawiszy lub skrótem klawiszowym Alt+K.

Reprezentuj kombinacje klawiszowe używając taga <kbd>. Oddziel od siebie klawisze znakiem plus, np <kbd>Alt+Tab</kbd>.

Indeks górny oraz dolny

Przykład: wpisując H<sub>2</sub>O i m<sup>2</sup> otrzymasz: H2O i m2.

Składnia Tex

By precyzyjnie wyrazić działanie matematyczne, użyj składni Tex.

<tex>arcctg(x) = argtan(\frac{1}{x}) = arcsin(\frac{1}{\sqrt{1+x^2}})</tex>

Kod źródłowy

Krótkie fragmenty kodu

Wszelkie jednolinijkowe instrukcje języka programowania powinny być zawarte pomiędzy obróconymi apostrofami: `kod instrukcji` lub ``console.log(`string`);``.

Kod wielolinijkowy

Dodaj fragment kodu komendą . Fragmenty kodu zajmujące całą lub więcej linijek powinny być umieszczone w wielolinijkowym fragmencie kodu. Znaczniki ``` lub ~~~ umożliwiają kolorowanie różnych języków programowania. Możemy nadać nazwę języka programowania używając auto-uzupełnienia, kod został pokolorowany używając konkretnych ustawień kolorowania składni:

```javascript
document.write('Hello World');
```

Możesz zaznaczyć również już wklejony kod w edytorze, i użyć komendy  by zamienić go w kod. Użyj kombinacji Ctrl+`, by dodać fragment kodu bez oznaczników języka.

Tabelki

Dodaj przykładową tabelkę używając komendy . Przykładowa tabelka składa się z dwóch kolumn, nagłówka i jednego wiersza.

Wygeneruj tabelkę na podstawie szablonu. Oddziel komórki separatorem ; lub |, a następnie zaznacz szablonu.

nazwisko;dziedzina;odkrycie
Pitagoras;mathematics;Pythagorean Theorem
Albert Einstein;physics;General Relativity
Marie Curie, Pierre Curie;chemistry;Radium, Polonium

Użyj komendy by zamienić zaznaczony szablon na tabelkę Markdown.

Lista uporządkowana i nieuporządkowana

Możliwe jest tworzenie listy numerowanych oraz wypunktowanych. Wystarczy, że pierwszym znakiem linii będzie * lub - dla listy nieuporządkowanej oraz 1. dla listy uporządkowanej.

Użyj komendy by dodać listę uporządkowaną.

1. Lista numerowana
2. Lista numerowana

Użyj komendy by dodać listę nieuporządkowaną.

* Lista wypunktowana
* Lista wypunktowana
** Lista wypunktowana (drugi poziom)

Składnia Markdown

Edytor obsługuje składnię Markdown, która składa się ze znaków specjalnych. Dostępne komendy, jak formatowanie , dodanie tabelki lub fragmentu kodu są w pewnym sensie świadome otaczającej jej składni, i postarają się unikać uszkodzenia jej.

Dla przykładu, używając tylko dostępnych komend, nie możemy dodać formatowania pogrubienia do kodu wielolinijkowego, albo dodać listy do tabelki - mogłoby to doprowadzić do uszkodzenia składni.

W pewnych odosobnionych przypadkach brak nowej linii przed elementami markdown również mógłby uszkodzić składnie, dlatego edytor dodaje brakujące nowe linie. Dla przykładu, dodanie formatowania pochylenia zaraz po tabelce, mogłoby zostać błędne zinterpretowane, więc edytor doda oddzielającą nową linię pomiędzy tabelką, a pochyleniem.

Skróty klawiszowe

Skróty formatujące, kiedy w edytorze znajduje się pojedynczy kursor, wstawiają sformatowany tekst przykładowy. Jeśli w edytorze znajduje się zaznaczenie (słowo, linijka, paragraf), wtedy zaznaczenie zostaje sformatowane.

  • Ctrl+B - dodaj pogrubienie lub pogrub zaznaczenie
  • Ctrl+I - dodaj pochylenie lub pochyl zaznaczenie
  • Ctrl+U - dodaj podkreślenie lub podkreśl zaznaczenie
  • Ctrl+S - dodaj przekreślenie lub przekreśl zaznaczenie

Notacja Klawiszy

  • Alt+K - dodaj notację klawiszy

Fragment kodu bez oznacznika

  • Alt+C - dodaj pusty fragment kodu

Skróty operujące na kodzie i linijkach:

  • Alt+L - zaznaczenie całej linii
  • Alt+, Alt+ - przeniesienie linijki w której znajduje się kursor w górę/dół.
  • Tab/⌘+] - dodaj wcięcie (wcięcie w prawo)
  • Shit+Tab/⌘+[ - usunięcie wcięcia (wycięcie w lewo)

Dodawanie postów:

  • Ctrl+Enter - dodaj post
  • ⌘+Enter - dodaj post (MacOS)