@Maciek G: zajrzyj do tej książki https://reflectoring.io/book/ - można ją kupić po taniości, a jest bardzo fajną pozycją. Nie jest stricte o DDD, ale hexy zazwyczaj są używane w DDD, więc znajdziesz wiele odpowiedzi na swoje pytania + kilka pytań, na które jeszcze sobie nie odpowiedziałeś. Książka jest krótki i prosto napisana, więc w 1-2 dni można ją przeczytać ze zrozumieniem.
Co do struktury proponowanej przez autora tej książki, to wygląda ona tak (wersja dla proty/adaptery, czyli coś co często stosuje się w DDD): https://imgur.com/AdWtchg
Nawet jeśli nie idziesz w kierunku porty/adaptery to nadal myślę, że na podobnej strukturze możesz bazować jako punkt wyjścia. Masz jednak o wiele ważniejsze decyzje do podjęcia niż struktura plików. Co jeszcze mi się rzuca w oczy to, że idziesz w kierunku DDD, a nie masz na przykład ani śladu ValueObjectów, a to dla mnie taka chyba integralna część DDD (wiem, wiem - można się z tym kłócić).
Pytanie też o duplikowanie obiektów typu User i UserEntity - nie da się tego w Javie ogarnać jakimś ORM wspierającym Data Mapper Pattern? Pytam, bo nie znam Javy, a trochę tak to wygląda jakby UserEntity było ActiveRecordem i potem byś to mapował na obiekty biznesowe.
domain
. W infrze ma UserEntity, a w domain User.