Realloc()

void *u_push_stack( u_stack_t *stack, void *item, size_t size ) {
    u_stack_t *newItem;
    if( stack->counter == stack->capacity ) {
        stack->counter = stack->capacity - size;
    } else if ( stack->counter != stack->capacity ) {
        stack->counter = stack->counter - size;
    }
    if ( stack->counter >= 0 ) {
                  //first
        /*newItem->store = item;
        newItem->current = stack -> current;
        stack->current = item;*/
                 //second
        stack->current = stack->current + size;
        memcpy(stack->current, item, size);
                //third
        //*co = ((int*)stack->current - (int*)stack->store)/size;
        //cout << "look " << *co << endl;
    } else {
        void* temp;
        if( (temp = realloc(stack->store, stack->capacity + size)) != NULL ) {
            stack->store = realloc(stack->store, stack->capacity - size);
        }
    }
}

    //Ale ty widzisz, że to wykona się zawsze, rozumiesz logikę swojego programu, prawda?
    if( stack->counter == stack->capacity ) {
        stack->counter = stack->capacity - size;
    } else if ( stack->counter != stack->capacity ) {
        stack->counter = stack->counter - size;
    }

    if ( stack->counter >= 0 ) {
        // Przypadkiem nie powinieneś odwrócić kolejności tych dwóch instrukcji?
        // Tj. najpierw skopiować dane na stos a dopiero potem przesunać wskaźnik stosu? :)
        stack->current = stack->current + size;
        memcpy(stack->current, item, size);
    }

    } else {
        void* temp;
        // Zastanów się, czy chcesz powiększac stos tylko o rozmiar size. 
        // To oznacza, że każda następna alokacja znowu będzie realokować stos.
        // Przez co zamortyzowany czas wstawiania i usuwania elementów ze stosu nie będzie stały,
        // a liniowy (z racji ciągłej potrzeby realokacji).
        if( (temp = realloc(stack->store, stack->capacity + size)) != NULL ) {
            // Skoro zaalokowałeś stos po raz drugi to przzypisz ten adres (temp) do stack->store
            // Kolejne alokowanie jest bez sensu.
            stack->store = realloc(stack->store, stack->capacity - size);
            // Dodatkowo skoro dokonales ponownej alokacji powinieneś zaktualizować counter, current i capacity.
            // Sugeruję też przesunięcie tej sekcji kodu nad ifa zmieniajac warunek,
            //  a dawnego ifa wykonywać bezwarunowo ponieważ jeszcze musisz wstawić element.
        }
    }

Po takim szajsie nie masz już szans na... sukces.

Ten drugi realloc działa na zniszczonym wskaźniku - przez ten pierwszy realloc.

takie coś byłoby tu poprawne:
b = realloc(a, sizb); // a jest już nieaktualne - zostało zniszczone w realloc
c = realloc(b, sizc);