Modyfikacja pliku tekstowego

 File file = new File("dupa.txt");

		    try {

		        Scanner sc = new Scanner(file);
		        int i=1;
		        while (sc.hasNextLine()) {
		        	String wyrazy[] = sc.nextLine().split(",");
		        	for(String s: wyrazy) {
		        		s=i+"; "+s.trim();
		        		System.out.println(s);
		        		i++;
		        	}
		        }
		    } 
		    catch (FileNotFoundException e) {
		        e.printStackTrace();
		    }
		 }

import java.io.IOException;
import java.nio.charset.StandardCharsets;
import java.nio.file.Files;
import java.nio.file.Paths;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Collections;
import java.util.List;
import java.util.concurrent.atomic.AtomicInteger;
import java.util.stream.Collectors;

public class Test {

    public static void main(String[] args) throws IOException {
        final String fileName = "D:\\test.txt";
        final String splitter = ", ";

        final List<String> newLines = new ArrayList<>();
        for (final String line : Files.readAllLines(Paths.get(fileName), StandardCharsets.UTF_8)) {
            Collections.addAll(newLines, line.contains(splitter) ? line.split(splitter) : new String[]{line});
        }

        final AtomicInteger atomicInteger = new AtomicInteger(1);
        Files.write(Paths.get(fileName), newLines.stream()
                .map(line -> String.format("%d; %s", atomicInteger.getAndIncrement(), line)).collect(Collectors.toList()));
    }

}

Aberglauben;der;przesąd,zabobon,
cis11;a;cos11,
cis12;a;cos12,cos11,
cis13;a;cos13,cos15,cos16,
cis14;a;cos13,
cis15;a;cos12,
cis16;a;cos14,

public static void TworzenieListyTrzyPlikowej(String name) throws FileNotFoundException {
      FileInputStream file = new FileInputStream(name);
      PrintWriter writePL = new PrintWriter("src/main/resources/wtirePL.txt");
      PrintWriter writeDE = new PrintWriter("src/main/resources/wtireDE.txt");
      PrintWriter writePLDE = new PrintWriter("src/main/resources/wtirePLDE.txt");
      ArrayList listaPL = new ArrayList();
      Scanner sc = new Scanner(file, "UTF-8");

      int i = 0;//index DE
      int j = 0;//index PL
      int k = 0;//l.p.
      int duplikat = 0; //znacznik jak występują duplikaty
      int duplikatPLid = 0;

      writePLDE.println("Id;IdDE;IdPL");
      while (sc.hasNextLine()) {
          String[] wyrazy = sc.nextLine().split(";");
          String[] slowa = wyrazy[2].split(",");
          writeDE.println(i + ";" + wyrazy[0].trim() + ";" + wyrazy[1].trim());
          for (String s : slowa) {
//sprawdzenie czy w liście PL wystąpią duplikaty po dodaniu nowego rekordu.
              for (int x = 0; x < listaPL.size(); x++) {
                  if (listaPL.get(x).equals(s.trim())) {
                      duplikat = 1;
                      duplikatPLid = x;
                  }
              }
              if (duplikat == 0) {
                  writePL.println(j + ";" + s.trim());
                  listaPL.add(s.trim());
                  writePLDE.println(k + ";" + i + ";" + j);
                  j++;
              } else {
                  writePLDE.println(k + ";" + i + ";" + duplikatPLid);
              }
              k++;
              System.out.println(j);//program wykonuje się dosyć długo, dlatego zostawiłem odliczanie aby widzieć że coś się dzieje.
              duplikat = 0;
          }
          i++;
      }
      writePL.close();
      writeDE.close();
      writePLDE.close();
  }