Nie zrozumiałeś - te pliki mają dwie nazwy (jednocześnie) - i w wersji krótkiej, na przykład (np.: PROGRA~1) i w wersji długiej (np. Program files). Jeśli program obsługuje długie, to zadziała i na krótkich, jeśli obsługuje tylko krótkie, to może z nich spokojnie korzystać.
Jak mimo wszystko zależy Ci na zmianie nazwy, to proponuję skrypt:
@echo off
for %%f in (*.txt) do ren "%%~nxf" "%%~nsf.txt"
echo.
pause
Plik jednocześnie posiada dwie nazwy; zatem wywołanie na przykład polecenia (załóżmy, że nazwy są prawidłowe):
ren "Plik z długą nazwą.txt" "PLIKZD~1"
nie przyniesie żadnego efektu, bo plik już posiada taką nazwę (bo posiada obie). Dlatego trzeba zmienić nazwę na inną (w przykładzie obcinam rozszerzenie *.txt przez brak przełącznika x w krótkiej nazwie i samodzielnie dodaję je od nowa - małymi literami). System wtedy traktuje podaną nazwę jako nową (bo rozszerzenie ma inne znaki - małe litery), co pozwala mu zmienić jego długą nazwę na taką w postaci krótkiej (jeśli długa nazwa jest w zakresie krótkiej, krótka jest identyczna; plik ma jedną nazwę).
Powtarzam tylko jeszcze raz - nie ma takiej potrzeby, bo każdy plik zawsze posiada krótką wersję nazwy.