Myślę, że najprościej nazywać pliki zakodowanym ciągiem. Przy skanowaniu, w momencie podawania nazwy pliku, można odczytać kod za pomocą czytnika kodów udającego klawiaturę i nazwa wpisze się sama.
A jeżeli kody kreskowe są kolejnymi numerami, to w programie do skanowania często można skonfigurować nazywanie kolejnych plików numerami poczynając od wskazanego numeru.
Inny sposób: Jeżeli zgodzisz się na lekką modyfikację procesu, czyli najpierw się naklei kod, a potem zeskanuje (zakładam, że na każdym jednym dokumencie będzie puste miejsce lub odpowiednio duży margines, że da się nakleić kod tak, żeby niczego nie zasłaniał i nie przeszkadzał w późniejszym czytaniu dokumentu), to za pomocą biblioteki https://github.com/micjahn/ZXing.Net lub https://github.com/zxing/zxing możesz napisać swój program, który przegląda katalog, do którego gromadzą się pliki obrazów zeskanowanych dokumentów (nazwy tych plików nie są ważne), wyświetla podgląd pliku i odczytuje kod (w miejscu wskazanym przez użytkownika, bo trudniej będzie zmuszać do automatycznego wyszukiwania, chyba, że przyjmiesz góra 2 lub 3 miejsca, w których może być naklejony kod). Po odczytaniu kodu program przerzucałby plik do innego katalogu i nazywał plik ciągiem znaków odczytanym z kodu.