Na podstawie moich doświadczeń z JBoss AS (z tomcata nie korzystałem).
JBoss przetwarza pliki w następującej kolejności sar, jar, war, ear.
Pewnym rozwiązaniem jest zrobienie eara z pliku, który używa web serwisów.
To jednak do końca nie rozwiąże problemu...
"Wystawianie" web serviców odbywa się w innym wątku niż przetwarzanie kolejnych plików sar, jar, war, ear. Możliwe jest więc, że zanim web servicy zostaną wystawione z wara, ear już będzie chciał się do nich odwołać.
Brute force polega na odczekaniu np. 10 sekund zanim spróbuje się dostać do webservicu.
Raczej nie powinieneś wstrzymywać wątku serwera.
Użyj jednego z:
-EJB Timer Services http://technology-related.com/javaee/5/docs/tutorial/doc/bnboy.html
-Quartz http://www.quartz-scheduler.org/
-Stworzenia zwykłego wątku, który poczeka
-Użycie klasy Timer
Można też dobijać się do service'u "do skutku" co np. 3 sekundy.