Dlaczego przywrocenie windowsa do ustawien fabrycznych mialo wplyw na linuxa?

Cześć!
Na laptopie mam dwa systemy, Windows 11 i Linux (Elementary OS). Windowsa przywróciłem do ustawien farbrycznych a linuch zwariował. Gdy włączam jakieś aplikacje to w folderze "Home" robi jakies pliki ?Tymczasowe? zaczynające się od kropki .java .mozzila .cache .config .bash_history .local. Do tego wszystkie aplikacje zachowują się jakbym po raz pierwszy je uruchamiał. Co tu się stało? I jak to naprawić? nie chce zeby w folderze "Home" powstawaly jakies tymczasowe pliki (nie wiem może przez przypadek usunalem jakis folder do tymczasowych danych?).

EDIT: Mogę tego linuxa nawet do ustawień fabrycznych przywrócić, ale nie będzie to miało teraz wpływu na Windows?

A może po prostu właczyłeś sobie widok ukrytych (to te z kropką z przodu)?
Te pliki są zawsze w katalogu użytkownika - określają konfiguracje - ich ilość zależy od tego co się używa / zainstalowało.
Pewnie niektóre skasowałeś i dlatego programy odpalają się "jak za pierwszym razem" ;)