wg mnie rozwiązanie opisane w pytaniu jest najlepsze, nie wiem co tu sie da lepiej zautomatyzować. Jak kompilujesz aplikacje którą chcesz dawać "obcym" to chyba i tak lepiej to zrobić w miare ręcznie żeby nie było wtopy.
Ale istnieją inne sposoby, jeśli piszesz poważne programy to raczej generujesz instalatory a nie podrzucasz gołe exeki, więc np. soft Advanced Installer do tworzenia instalatorów .msi ma wbudowaną opcje podpisywania każdej binarki przed kompresją, a także podpisuje gotowy msi jeśli wcześniej skonfigurujesz w nim swój podpis (plik w formacie .p12). Potem tylko dajesz generuj i on zajmuje sie wszystkim sam generując ci profesjonalny instalator z cyfrowym podpisem. A podpis do kodu zwie sie Code Sign Certificate (zwykle), firmy go odpłatnie wystawiają na kilka lat, ty go instalujesz (bój sie boga) w przeglądarce online (i nie daj boże wyczyść dane przeglądania cookiesy i inne dane witryn) a potem możesz taki certyfikat eksportować właśnie do pliku *.p12 z poziomu ustawień przeglądarki.