Wybor nalezy do ciebie i zalezy od celu, w jakim sie uczysz. Jak zamierzasz wykorzystac to w pracy zawodowo jako programista .NET, pewnie przyda Ci sie Ms SQL Server lub Oracle. Jesli Java to na ogol Oracle. Jesli PHP to czesto MySQL. Jak chcesz samemu tworzyc cos od zera, polecam PostgreSQL. Systemy finansowe sa czesto stawiane na DB2.
Nic nie stoi natomiast na przeszkodzie, by na przyklad korzystac z Java + SQL Server, albo PHP + DB2.
Bazy sa na tyle do siebie podobne, ze teorii czlowiek uczy sie raz, ale tak bardzo rozne w szczeglolach, ze wiele kodu jest nieprzenosne.