(String[] args)

chcialbym, zeby po uruchomieniu programu użytkownik wpisywal pewnie dane i były one przeklazywane w [] do metody main.

elementy [] args powinnno się zapisywac do zmiennej i pobierać powinienem za pomocą np scnnaera? Czy jest jakiś inny fajniejszy sposób?

 private static void setupProgram(String[] args) {
        while (args.length == 0)
        {
            System.out.println("Proper Usage is: passwort and login");
            System.exit(0);
        }
        passwordToDatabase =  args[0];
        dirNotify=  args[1];

    }

Nie wiem z czyms masz problem. Albo uzytkownik podaje jako argumenty wywołania programu i masz je w args albo potem pobierasz je już po uruchomieniu programu za pomocą Scannera.

Parametry, które lądują w String[] args są podawane tuż przed wystartowaniem programu.
https://en.wikipedia.org/wiki/Command-line_argument_parsing

@Wibowit: dzięki:)