GIT - pull request

Witam, mam problem z Gitem.
Zrobiłem aplikację, wrzuciłem kod na Githuba. Następnie ściągnąlem (jako plik .zip) kod z innego mojego repo. Pracowałem nad tym kodem, dodałem trochę plikow, trochę usunąłem. Zostalem poproszony o to, by wrzucić nową (totalnie inną) wersję mojej aplikacji do tego samego repo, żeby była ciąglość. Utworzyłem więc nowy branch i na ten branch wrzucilem ten nowy kod. Na Githubie wygląda to ok - na branchu master jest stara wersja, na new-branch - nowa wersja. Ale kiedy chcę zrobić pull request, dostaję informację There isn’t anything to compare, master and new-branch are entirely different commit histories.
Myślałem, że zrobię pull request gdzie będą wyszczególnione wszystkie różnice - czyli praktycznie wszystko, bo różnią się całkowicie. Z tego co czytam, taki bląd może się pojawić, gdy ściąga się kod z Githuba, ale nie mam pojęcia co z tym zrobić. Bardzo prosze o pomoc.

Pobierz brancha master do siebie, podmień pliki, wykonaj commit i dopiero wtedy push na new-branch - inaczej Git nie wie, w jaki sposób te Twoje pliki są ze sobą związane historycznie.

Przepraszam z góry za to, że tak wypytuję, ale chcę mieć pewność że dobrze rozumiem:

1. zrobić git pull origin master
2. wywalić wszystko, wkleić moje nowe pliki
3. git push origin new-branch
   ?

Ad 2: nie jestem pewien czy Git sprawdza daty utworzenia pliku, dlatego najlepiej nie usuwać - podmień pliki, a następnie ręcznie pousuwaj te stare.
Zielone światło :P

Następnie ściągnąlem (jako plik .zip) kod z innego mojego repo.

I to był pierwszy błąd. Trzeba było drugie repo dodać jako remote do pierwszego, i stamtąd zaciągnąć pliki.