Jak zrównoleglić skrypt narzędziowy napisany w bashu?

Jak zrównoleglić skrypt narzędziowy napisany w bashu?
IS
  • Rejestracja:ponad 5 lat
  • Ostatnio:prawie 5 lat
  • Postów:6
0

Cześć, szukam rozwiązania od wczoraj i nie mogę znaleźć nic co by mi pomogło.

Mam narzędzie linuxowe, które (mocno upraszczając) wycina mi sekwencje określone w pliku illumnaSeq. Mam 33 pliki, które mam przemielić. Jeden plik się procesuje koło 5h. Mam do dyspozycji serwer na centosie, ma 128 rdzeni.
Znalazłem kilka rozwiązań, ale każde działa tak, że używa tylko jednego rdzenia. Ostatnie niby odpala 33 nohupy, ale dalej ciśnie całość po jednym rdzeniu.

Moje pytanie brzmi, czy ma ktoś jakiś pomysł jak wykorzystać potencjał maszynki? Bo w zasadzie każdy plik może się niezależnie przetwarzać, nie ma między nimi żadnych relacji.

Tak wygląda aktualna wersja skryptu:

Kopiuj
#!/bin/bash
PLIKI=/home/daw/raw/*
count=0

for f in $PLIKI
do
  base=${f##*/}
  echo "Przetwarzanie $f pliku..."
  nohup /home/daw/scythe/scythe -a /home/daw/scythe/illumina_adapters.fa -o "OUT$base" $f &
  (( count ++ ))
  if (( count = 31 )); then
        wait
        count=0
  fi
done

Tłumaczę jeszcze: PLIKI to lista plików z folderu raw.
Właściwa linijka wykonująca nohup: pierwsza ścieżka, to ścieżka do narzędzia, -a ścieżka to ścieżka do pliku z paternami do cięcia, out to out, ma się zapisywać jako taka sama nazwa pliku jak przetwarzany + OUT na początku. Ostatni parametr to plik wejściowy który ma być przetworzony.

Tutaj readme narzędzia:
https://github.com/vsbuffalo/scythe

Czy wie ktoś może jak można to ogarnąć?

edytowany 1x, ostatnio: isoshi
RI
  • Rejestracja:około 5 lat
  • Ostatnio:prawie 5 lat
  • Postów:40
1

Dość nietypowe. U siebie odpalam podobne taski jednordzeniowe w podobny sposób i nie mam z tym problemu (przynajmniej od dekady).

Najsampierw warto sprawdzić czy są ustawione jakieś limity:

Kopiuj
nproc
ulimit -a
cat /etc/security/limits.conf

Gdy wszystko jest ok i pokazuje to co ma pokazać to możesz spróbować wywołać te komendy poleceniem parallel:
Parallel - przykłady użycia

IS
  • Rejestracja:ponad 5 lat
  • Ostatnio:prawie 5 lat
  • Postów:6
0

Hej! Dziękuję za odpowiedź, będę próbował coś pokombinować z linkiem od Ciebie i parallelem.
Tymczasem ulimit -a zwrócił mi:

Kopiuj
core file size          (blocks, -c) 0
data seg size           (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority             (-e) 0
file size               (blocks, -f) unlimited
pending signals                 (-i) 2063124
max locked memory       (kbytes, -l) 64
max memory size         (kbytes, -m) unlimited
open files                      (-n) 1024
pipe size            (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues     (bytes, -q) 819200
real-time priority              (-r) 0
stack size              (kbytes, -s) 8192
cpu time               (seconds, -t) unlimited
max user processes              (-u) 4096
virtual memory          (kbytes, -v) unlimited
file locks                      (-x) unlimited
edytowany 2x, ostatnio: isoshi
RI
Wygląda ok. Trochę mało max user processes. Ten serwer jest współdzielony? Są nałożone jakieś limity? Warto spróbować parallelem i wtedy powinno się wyjaśnić.
Kliknij, aby dodać treść...

Pomoc 1.18.8

Typografia

Edytor obsługuje składnie Markdown, w której pojedynczy akcent *kursywa* oraz _kursywa_ to pochylenie. Z kolei podwójny akcent **pogrubienie** oraz __pogrubienie__ to pogrubienie. Dodanie znaczników ~~strike~~ to przekreślenie.

Możesz dodać formatowanie komendami , , oraz .

Ponieważ dekoracja podkreślenia jest przeznaczona na linki, markdown nie zawiera specjalnej składni dla podkreślenia. Dlatego by dodać podkreślenie, użyj <u>underline</u>.

Komendy formatujące reagują na skróty klawiszowe: Ctrl+B, Ctrl+I, Ctrl+U oraz Ctrl+S.

Linki

By dodać link w edytorze użyj komendy lub użyj składni [title](link). URL umieszczony w linku lub nawet URL umieszczony bezpośrednio w tekście będzie aktywny i klikalny.

Jeżeli chcesz, możesz samodzielnie dodać link: <a href="link">title</a>.

Wewnętrzne odnośniki

Możesz umieścić odnośnik do wewnętrznej podstrony, używając następującej składni: [[Delphi/Kompendium]] lub [[Delphi/Kompendium|kliknij, aby przejść do kompendium]]. Odnośniki mogą prowadzić do Forum 4programmers.net lub np. do Kompendium.

Wspomnienia użytkowników

By wspomnieć użytkownika forum, wpisz w formularzu znak @. Zobaczysz okienko samouzupełniające nazwy użytkowników. Samouzupełnienie dobierze odpowiedni format wspomnienia, zależnie od tego czy w nazwie użytkownika znajduje się spacja.

Znaczniki HTML

Dozwolone jest używanie niektórych znaczników HTML: <a>, <b>, <i>, <kbd>, <del>, <strong>, <dfn>, <pre>, <blockquote>, <hr/>, <sub>, <sup> oraz <img/>.

Skróty klawiszowe

Dodaj kombinację klawiszy komendą notacji klawiszy lub skrótem klawiszowym Alt+K.

Reprezentuj kombinacje klawiszowe używając taga <kbd>. Oddziel od siebie klawisze znakiem plus, np <kbd>Alt+Tab</kbd>.

Indeks górny oraz dolny

Przykład: wpisując H<sub>2</sub>O i m<sup>2</sup> otrzymasz: H2O i m2.

Składnia Tex

By precyzyjnie wyrazić działanie matematyczne, użyj składni Tex.

<tex>arcctg(x) = argtan(\frac{1}{x}) = arcsin(\frac{1}{\sqrt{1+x^2}})</tex>

Kod źródłowy

Krótkie fragmenty kodu

Wszelkie jednolinijkowe instrukcje języka programowania powinny być zawarte pomiędzy obróconymi apostrofami: `kod instrukcji` lub ``console.log(`string`);``.

Kod wielolinijkowy

Dodaj fragment kodu komendą . Fragmenty kodu zajmujące całą lub więcej linijek powinny być umieszczone w wielolinijkowym fragmencie kodu. Znaczniki ``` lub ~~~ umożliwiają kolorowanie różnych języków programowania. Możemy nadać nazwę języka programowania używając auto-uzupełnienia, kod został pokolorowany używając konkretnych ustawień kolorowania składni:

```javascript
document.write('Hello World');
```

Możesz zaznaczyć również już wklejony kod w edytorze, i użyć komendy  by zamienić go w kod. Użyj kombinacji Ctrl+`, by dodać fragment kodu bez oznaczników języka.

Tabelki

Dodaj przykładową tabelkę używając komendy . Przykładowa tabelka składa się z dwóch kolumn, nagłówka i jednego wiersza.

Wygeneruj tabelkę na podstawie szablonu. Oddziel komórki separatorem ; lub |, a następnie zaznacz szablonu.

nazwisko;dziedzina;odkrycie
Pitagoras;mathematics;Pythagorean Theorem
Albert Einstein;physics;General Relativity
Marie Curie, Pierre Curie;chemistry;Radium, Polonium

Użyj komendy by zamienić zaznaczony szablon na tabelkę Markdown.

Lista uporządkowana i nieuporządkowana

Możliwe jest tworzenie listy numerowanych oraz wypunktowanych. Wystarczy, że pierwszym znakiem linii będzie * lub - dla listy nieuporządkowanej oraz 1. dla listy uporządkowanej.

Użyj komendy by dodać listę uporządkowaną.

1. Lista numerowana
2. Lista numerowana

Użyj komendy by dodać listę nieuporządkowaną.

* Lista wypunktowana
* Lista wypunktowana
** Lista wypunktowana (drugi poziom)

Składnia Markdown

Edytor obsługuje składnię Markdown, która składa się ze znaków specjalnych. Dostępne komendy, jak formatowanie , dodanie tabelki lub fragmentu kodu są w pewnym sensie świadome otaczającej jej składni, i postarają się unikać uszkodzenia jej.

Dla przykładu, używając tylko dostępnych komend, nie możemy dodać formatowania pogrubienia do kodu wielolinijkowego, albo dodać listy do tabelki - mogłoby to doprowadzić do uszkodzenia składni.

W pewnych odosobnionych przypadkach brak nowej linii przed elementami markdown również mógłby uszkodzić składnie, dlatego edytor dodaje brakujące nowe linie. Dla przykładu, dodanie formatowania pochylenia zaraz po tabelce, mogłoby zostać błędne zinterpretowane, więc edytor doda oddzielającą nową linię pomiędzy tabelką, a pochyleniem.

Skróty klawiszowe

Skróty formatujące, kiedy w edytorze znajduje się pojedynczy kursor, wstawiają sformatowany tekst przykładowy. Jeśli w edytorze znajduje się zaznaczenie (słowo, linijka, paragraf), wtedy zaznaczenie zostaje sformatowane.

  • Ctrl+B - dodaj pogrubienie lub pogrub zaznaczenie
  • Ctrl+I - dodaj pochylenie lub pochyl zaznaczenie
  • Ctrl+U - dodaj podkreślenie lub podkreśl zaznaczenie
  • Ctrl+S - dodaj przekreślenie lub przekreśl zaznaczenie

Notacja Klawiszy

  • Alt+K - dodaj notację klawiszy

Fragment kodu bez oznacznika

  • Alt+C - dodaj pusty fragment kodu

Skróty operujące na kodzie i linijkach:

  • Alt+L - zaznaczenie całej linii
  • Alt+, Alt+ - przeniesienie linijki w której znajduje się kursor w górę/dół.
  • Tab/⌘+] - dodaj wcięcie (wcięcie w prawo)
  • Shit+Tab/⌘+[ - usunięcie wcięcia (wycięcie w lewo)

Dodawanie postów:

  • Ctrl+Enter - dodaj post
  • ⌘+Enter - dodaj post (MacOS)