Żeby nie musieć rozmieszczać ekranów po pulpicie możesz użyć dynamicznego managera okien(okna na siebie nie zachodzą).
Tych masz kilka do wyboru, jedne bardziej automagiczne(xmonad), inne konfigurowalne(awesome, i3).
Co do odpalania to skrypt wywołujący uruchomienie programów po starcie systemu jak najbardziej będzie działał i będzie najprostszym rozwiązaniem.
Do częstych akcji możesz też mieć skrypty odpalane skrótem klawiszowym, a jeżeli akcje są cykliczne jak np backup, to bardzo dobrym rozwiązaniem jest cron.
Makra w przeglądarce możesz wyklikiwać np w seleniumIDE/iMacros.
Nie jestem testerem, ale jak coś robię z frontem, to uwielbiam sobie zrobić takie makro żeby później nie musieć pamiętać co gdzie kliknąć.
Jak makro do gui desktopowego to javowa klasa robot lub jej odpowiedniki z innych języków.