Z tego, co widzę, WKHTML to jest program konsolowy, wykonywany z linii poleceń. Najprościej to chyba utworzyć proces (obiekt typu Process, funkcja CreateProcess), uruchomić modalnie (w sensie, że program w C# będzie wstrzymany do zakończenia procesu). Nie znam tego programu, jeżeli wymaga pliku HTML i może tylko zapisać plik PDF, to można oczywiście utworzyć plik o losowej nazwie, wstawić HTML, uruchomić WKHTML, odczytać PDF i usunąć te pliki.
A jeżeli istnie możliwość, żeby HTML przekazać przez standardowe wejście zamiast z pliku, a PDF odebrać przez standardowe wyjście zamiast zapisywać do pliku, to sprawa jest jeszcze prostsza, robisz przekierowanie strumieni i do wejścia przekazujesz HTML tak, jak jest, a z wyjścia odbierasz PDF.
Prościej się chyba nie da i nie potrzeba wrappera do C#. A jak muszą być pliki, a będzie to odpalane tysiące razy dziennie, to dobrze jest skonfigurować ram-dysk, będzie to najszybszy możliwy nośnik i z możliwością częstego zapisywania bez ograniczeń (choć zapewne SSD zapewnia podobną wydajność w przeciwieństwie do HDD).