Jak zainstalować py2bit? Problem z instalacją.

file_path = r'C:\Users\48791\Downloads\hs1.2bit'
read_first_100_bases(file_path)

Próbujesz otworzyć plik ze ścieżki lokalnej z Windowsa, ale program odpalasz na WSL'u.

Dwa wyjścia:

• Albo uruchom program poza WSL'em, bezpośrednio w windowsie
• Albo zmień ścieżkę na : /mnt/c/users/48791/Downloads/hs1.2bit

Riddle napisał(a):

Kopiuj

file_path = r'C:\Users\48791\Downloads\hs1.2bit'
read_first_100_bases(file_path)

Próbujesz otworzyć plik ze ścieżki lokalnej z Windowsa, ale program odpalasz na WSL'u.

Dwa wyjścia:

• Albo uruchom program poza WSL'em, bezpośrednio w windowsie
• Albo zmień ścieżkę na : /mnt/c/users/48791/Downloads/hs1.2bit

Spróbuję jeszcze raz pobrać hs1. Majstrowałem przy nim trochę, może to jest powód. Bo dopiero się skapnąłem, że chodzi nie o plik genom.py, tylko hs1.2bit. To potrwa kilka dobrych godzin.

Tym niemniej w Pycharm nadal mam błąd niezwiązany z plikiem:

ModuleNotFoundError: No module named 'py2bit'

osobliwy nick napisał(a):

Kopiuj

ModuleNotFoundError: No module named 'py2bit'

Interpreter którego używa Pycharm nie ma zainstalowanej tej zależności. Trzeba ją doinstalować po prostu.

• Albo jej nie zainstalowałeś
• Albo ją zainstalowałeś w innym interpreterze

Przekopiuj plik hs1.2bit do folderu Collatz i wtedy będzie krótsza ścieżka bo tylko podasz nazwę pliku:

read_first_100_bases(' hs1.2bit ')

Riddle napisał(a):

Interpreter którego używa Pycharm nie ma zainstalowanej tej zależności. Trzeba ją doinstalować po prostu.

• Albo jej nie zainstalowałeś
• Albo ją zainstalowałeś w innym interpreterze

na samym poczatku zainstalowane bylo w srodowisku venv, moze dlatego

Riddle napisał(a):

osobliwy nick napisał(a):

Kopiuj

ModuleNotFoundError: No module named 'py2bit'

Interpreter którego używa Pycharm nie ma zainstalowanej tej zależności. Trzeba ją doinstalować po prostu.

• Albo jej nie zainstalowałeś
• Albo ją zainstalowałeś w innym interpreterze

A jak ją zainstalować w moim interpreterze? Skoro wywala błąd dot. pliku, a nie py2bit, to chyba już będzie działać w konsoli, choć wolałbym to uruchamiać w Pycharm. Ale, jeśli zacznie działać, to może dam sobie spokój akurat w tym przypadku z Pycharmem, skoro aż taki problem z tym jest.

Udało się:

tomasz@LAPTOP-QTS6AOJ0:/mnt/c/users/48791/PycharmProjects/Collatz$ python3 genom.py
Chromosom: chr1, Długość: 248387328
Pierwsze 100 zasady w chromosomie chr1:
CACCCTAAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCT

Coś tam wypisało. Bez Pycharma sobie poradzę, więc myślę, że problem rozwiązany. Dzięki!

Ja też zawsze tak robię, (konsola), problem jest taki, że i tak trzeba ten interpreter w IDE aktywować, bo ci będzie podkreślał moduły.