Jak zainstalować py2bit? Problem z instalacją.

Próbuję zainstalować py2bit, bo dostaję błąd w programie w którym chcę tego użyć (import py2bit):

"ModuleNotFoundError: No module named 'py2bit'"

Gdy robię to przez File -> Settings (lub Ctrl + Alt + S), wybierz sekcję Project: <nazwa_projektu> i kliknij na Python Interpreter i "+", to dostaję błąd:

Gdy robię to przez Ubuntu na Windows (pip install py2bit) dostaję informację, że mam to zainstalowane (więc dlaczego według Pycharma nie mam?):

Defaulting to user installation because normal site-packages is not writeable
Requirement already satisfied: py2bit in ./.local/lib/python3.8/site-packages (0.3.0)

Jak to zainstalować?

Przykład masz w swoim poprzednim wątku.

W Ubuntu mam "Successfully installed py2bit-0.3.1", a w Pycharm dalej "ModuleNotFoundError: No module named 'py2bit'".

W Ubuntu mam "Successfully installed py2bit-0.3.1", a w Pycharm dalej "ModuleNotFoundError: No module named 'py2bit'".

Zrób tak jak ja i aktywuj ten interpreter (z venv) w Pycharm - ie.

Jak to aktywować?

Jak uruchamiam program w konsoli to dostaję: SyntaxError: invalid syntax, w pierwszej linii, gdzie mam "import py2bit":

/mnt/c/Users/48791/PycharmProjects/Collatz/genom.py
File "<stdin>", line 1
/mnt/c/Users/48791/PycharmProjects/Collatz/genom.py
^
SyntaxError: invalid syntax

osobliwy nick napisał(a):

Jak to aktywować?

.\venv\Scripts\activate

@osobliwy nick: Znajdź jakąś taką opcję: select interpreter (albo podobną) w Pycharm.
https://stackoverflow.com/questions/32768371/how-can-i-add-interpreter-to-pycharm

lion137 napisał(a):

@osobliwy nick: Znajdź jakąś taką opcję: select interpreter (albo podobną) w Pycharm.
https://stackoverflow.com/questions/32768371/how-can-i-add-interpreter-to-pycharm

Znalazłem new environment i będąc w oknie "select location for..." nie ma żadnego activate, ani nie mogę go wpisać:

1. Otwórz ustawienia
   • Albo przez File -> Settings
   • Albo skrótem Ctrl+Alt+S
2. Znajdź w menu Project: <nazwa>
3. Znajdź Python interpreter

Znalazłem i co dalej? Otworzyć "add python intepreter"?

osobliwy nick napisał(a):

Znalazłem i co dalej? Otworzyć "add python intepreter"?

Jeśli żadnego nie masz, to tak.

Najlepiej pokasz screen tego co widzisz.

To widzę (kliknięcie w + i próba instalacji py2bit wywala właśnie błąd z pierwszego posta - niezależnie jaki intepreter wybiorę):

Mogę otworzyć zębatką po prawej na górze:

I tu też próbowałem kilku opcji.

Riddle napisał(a):

osobliwy nick napisał(a):

Jak to aktywować?

Kopiuj

.\venv\Scripts\activate

Uruchom w konsoli to co Ci podesłałem.

Czemu source? Spróbuj bez.

Wtedy dostają: -bash: venv/bin/activate: Permission denied

osobliwy nick napisał(a):

Wtedy dostają: -bash: venv/bin/activate: Permission denied

chmod +x venv/bin/activate
./venv/bin/activate

Tak?

Zdeaktywuj to base, ono chyba jest od condy, masz błąd składniowy, popraw i spróbuj jeszcze raz.

Deaktywowałem i dalej to samo:

(venv) (base) tomasz@LAPTOP-QTS6AOJ0:~$ conda deactivate
(venv) tomasz@LAPTOP-QTS6AOJ0:~$ chmod +x venv/bin/activate
(venv) tomasz@LAPTOP-QTS6AOJ0:~$ ./venv/bin/activate
(venv) tomasz@LAPTOP-QTS6AOJ0:~$ pip install git+https://github.com/dpryan79/py2bit
Collecting git+https://github.com/dpryan79/py2bit
  Cloning https://github.com/dpryan79/py2bit to /tmp/pip-req-build-oc5fi3r_
  Running command git clone --filter=blob:none --quiet https://github.com/dpryan79/py2bit /tmp/pip-req-build-oc5fi3r_
  Resolved https://github.com/dpryan79/py2bit to commit 697884f1c0b0bf4d3c9b82c4fa6a4445a2453c6c
  Installing build dependencies ... done
  Getting requirements to build wheel ... done
  Preparing metadata (pyproject.toml) ... done
(venv) tomasz@LAPTOP-QTS6AOJ0:~$ python
Python 3.12.4 | packaged by Anaconda, Inc. | (main, Jun 18 2024, 15:12:24) [GCC 11.2.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import py2bit
>>> /mnt/c/Users/48791/PycharmProjects/Collatz/genom.py
  File "<stdin>", line 1
    /mnt/c/Users/48791/PycharmProjects/Collatz/genom.py
    ^
SyntaxError: invalid syntax
>>>

osobliwy nick napisał(a):

Deaktywowałem i dalej to samo:

Pokaż skąd się odpala Twoje python:

which python
which pip

I pokaż co Ci wyszło.

@osobliwy nick: Skad się to: >>> /mnt/c/Users/48791/PycharmProjects/Collatz/genom.py wzięło?

To ścieżka do programu, który chcę uruchomić.

Ale co to robi w Pythonie?

Riddle napisał(a):

osobliwy nick napisał(a):

Deaktywowałem i dalej to samo:

Pokaż skąd się odpala Twoje python:

Kopiuj

which python
which pip

I pokaż co Ci wyszło.

(base) tomasz@LAPTOP-QTS6AOJ0:~$ which python
(base) tomasz@LAPTOP-QTS6AOJ0:~$ which pip
/home/tomasz/.local/bin/pip

lion137 napisał(a):

Ale co to robi w Pythonie?

Powinno uruchamiać program.

osobliwy nick napisał(a):

Kopiuj

(venv) tomasz@LAPTOP-QTS6AOJ0:~$ python
Python 3.12.4 | packaged by Anaconda, Inc. | (main, Jun 18 2024, 15:12:24) [GCC 11.2.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import py2bit
>>> /mnt/c/Users/48791/PycharmProjects/Collatz/genom.py
  File "<stdin>", line 1
    /mnt/c/Users/48791/PycharmProjects/Collatz/genom.py
    ^
SyntaxError: invalid syntax
>>>

Dopiero teraz zauważyłem @lion137 ma rację, to jest niepoprawna składnia.

W momencie kiedy odpalisz samo python, to otwiera Ci się REPL.

Uruchomić program w pythonie możesz tak:

python /mnt/c/Users/48791/PycharmProjects/Collatz/genom.py

albo po prostu

python genom.py

Riddle napisał(a):

osobliwy nick napisał(a):

Kopiuj

(venv) tomasz@LAPTOP-QTS6AOJ0:~$ python
Python 3.12.4 | packaged by Anaconda, Inc. | (main, Jun 18 2024, 15:12:24) [GCC 11.2.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import py2bit
>>> /mnt/c/Users/48791/PycharmProjects/Collatz/genom.py
  File "<stdin>", line 1
    /mnt/c/Users/48791/PycharmProjects/Collatz/genom.py
    ^
SyntaxError: invalid syntax
>>>

Dopiero teraz zauważyłem @lion137 ma rację, to jest niepoprawna składnia.

W momencie kiedy odpalisz samo python, to otwiera Ci się REPL.

Uruchomić program w pythonie możesz tak:

Kopiuj

python /mnt/c/Users/48791/PycharmProjects/Collatz/genom.py

albo po prostu

Kopiuj

python genom.py

Dostaję:

tomasz@LAPTOP-QTS6AOJ0:/mnt/c/users/48791/PycharmProjects/Collatz$ python3 genom.py
Wystąpił błąd: Received an error during file opening!

Inne programy, które mam mi działają.

osobliwy nick napisał(a):

Dostaję:

Kopiuj

tomasz@LAPTOP-QTS6AOJ0:/mnt/c/users/48791/PycharmProjects/Collatz$ python3 genom.py
Wystąpił błąd: Received an error during file opening!

Albo środowisko uruchomieniowe nie może się dostać do genom.py, albo może, i genom.py robi coś dziwnego. Obstawiam to drugie.

Pokaż kod genom.py.

Riddle napisał(a):

osobliwy nick napisał(a):

Dostaję:

Kopiuj

tomasz@LAPTOP-QTS6AOJ0:/mnt/c/users/48791/PycharmProjects/Collatz$ python3 genom.py
Wystąpił błąd: Received an error during file opening!

Pokaż kod genom.py.

import py2bit

def read_first_100_bases(file_path):
    try:
        # Otwieramy plik .2bit
        tbf = py2bit.open(file_path)

        # Uzyskujemy listę chromosomów dostępnych w pliku
        chroms = tbf.chroms()

        # Wybieramy pierwszy chromosom (możesz zmienić na dowolny)
        first_chrom = list(chroms.keys())[0]
        chrom_length = chroms[first_chrom]

        print(f'Chromosom: {first_chrom}, Długość: {chrom_length}')

        # Odczytujemy pierwsze 100 zasad (nukleotydów)
        num_bases = 100
        if chrom_length < num_bases:
            num_bases = chrom_length  # Jeśli chromosom jest krótszy niż 100 zasad

        sequence = tbf.sequence(first_chrom, 0, num_bases)

        print(f'Pierwsze {num_bases} zasady w chromosomie {first_chrom}:')
        print(sequence)

        tbf.close()
    except Exception as e:
        print(f"Wystąpił błąd: {e}")

# Przykład użycia
file_path = r'C:\Users\48791\Downloads\hs1.2bit'
read_first_100_bases(file_path)