Przekształcenie kodu R na kod w Pythonie

Przekształcenie kodu R na kod w Pythonie
adrian18
A1
adrian18
A1
  • Rejestracja:prawie 5 lat
  • Ostatnio:prawie 4 lata
  • Postów:19
0

Witam, posiadam kod napisany w R i chciałbym go przekształcić na kod w Pythonie. Niestety nie wiem za bardzo jak to zrobić, jestem osobą początkującą. Gdyby ktoś był w stanie pomóc mi, wytłumaczyć co zrobić po kolei i z jakich funkcji skorzystać, to byłbym wdzięczny.
Tutaj jest kod napisany w R:

Kopiuj
foo <- function(x){
  xSplit <- strsplit(x, "")

  # indels
  indels <- unique(
    unlist(
      lapply(xSplit, function(i){ 
        ix <- which(i == "-")
        g <- c(0, cumsum(diff(ix) > 1))
        split(ix, g)
      }),  recursive = FALSE))
  # sort by position
  indels <- indels[order(sapply(indels, `[`, 1), lengths(indels))]
  names(indels) <- paste0("indel_", seq(length(indels)))

  # return binary
  t(
    sapply(xSplit, function(i){
      sapply(indels, function(j){
        !all(i[ j ] == "-")
      })
    }) * 1
  )
}
# example data
x1 <- c("CATG----ACAGAGCGACCCGCG--CACGTTACAAACACTACGCGGGGTGGCCCCGG",
        "CATGCCCGACAGAGCGACCCGCGAACACGTTACAAACACTACG---GGTGGCCCCGG")
x2 <- c("CATG----ACAGAGCGACCCGCG--CACGTTACAAACACTACGCGGGGTGGCCCCGG",
        "CATGCCCGACAGAGCGACCCGCGAACACGTTACAAACACTACG---GGTGGCCCCGG",
        "CATG----ACAGA---ACCCGCG--CACGTTACAAACACTACGCGGGGTGGCCCCGG")

Ten kod ma za zadanie zakodowanie indeli (przerw oznaczonych '-') w sposób binarny. Porównuje on np. te 3 sekwencje, które są w x2 i gdy jest przerwa oznacza to jako 0, a jeśli przerwy nie ma w tym miejscu daje 1. Następnie układa on to w kolejności. Tutaj podaje wynik tego kodu dla x2:

Kopiuj
foo(x2)
#      indel_1 indel_2 indel_3 indel_4
# [1,]       0       1       0       1
# [2,]       1       1       1       0
# [3,]       0       0       0       1
edytowany 1x, ostatnio: adrian18
Miang
pythona nie znam, ale R jest na tyle specyficzny, ze warto to najpierw przepisać na algorytm a nie bezpośrednio z R na pythona
lion137
Opisz dokładnie co ten kod robi, to się go przepisze:)
Udostępnij
Kopiuj link do postu Kopiuj link do postu jako Markdown
Komentuj
lion137
lion137
lion137
lion137
  • Rejestracja:około 8 lat
  • Ostatnio:3 minuty
  • Postów:4895
0

Super, zedytowałeś; teraz zacznij to pisać w Pythonie, bedziemy patrzeć.

Udostępnij
Kopiuj link do postu Kopiuj link do postu jako Markdown
Komentuj
javafxdev
JA
javafxdev
JA
  • Rejestracja:prawie 6 lat
  • Ostatnio:około 6 godzin
  • Postów:52
0

a dlaczego masz w wyniku tylko indel_4 jak tam tych przerw jest więcej,
"CATG----ACAGA---ACCCGCG--CACGTTACAAACACTACGCGGGGTGGCCCCGG"
ja tutaj widze 9 więc czemu nie ma w tabeli wynikowej indel_1 ... indel_9?

A1
Indel jest określony jako jeden lub więcej następujących po sobie znaków '-'. Tak np. 4 znaki '-' obok siebie oznaczają 1 indel.
Udostępnij
Kopiuj link do postu Kopiuj link do postu jako Markdown
Komentuj
adrian18
A1
adrian18
A1
  • Rejestracja:prawie 5 lat
  • Ostatnio:prawie 4 lata
  • Postów:19
0

Wykorzystałem funkcję re.finditer w ten sposób:

Kopiuj
seq = ["CATG----ACAGAGCGACCCGCG--CACGTTACAAACACTACGCGGGGTGGCCCCGG",
       "CATGCCCGACAGAGCGACCCGCG---ACGTTACAAACACTACG---GGTGGCCCCGG",
       "CATG----ACAGA---ACCCGCG--CACGTTACAAACACTACGCGGGGTGGCCCCGG"]
from re import finditer
for x, _ in enumerate(seq):
    for match in finditer('-+', str(seq[x])):
        print(match.span(), match.group())

I jako wynik otrzymałem przedziały, w których znajdują się indele:

Kopiuj
(4, 8) ----
(23, 25) --
(23, 26) ---
(43, 46) ---
(4, 8) ----
(13, 16) ---
(23, 25) --

W jaki sposób można byłoby to teraz porównać między sekwencjami?

Udostępnij
Kopiuj link do postu Kopiuj link do postu jako Markdown
Komentuj
javafxdev
JA
javafxdev
JA
  • Rejestracja:prawie 6 lat
  • Ostatnio:około 6 godzin
  • Postów:52
0

Skoro indel to grupa znaków to dlaczego dla x2 masz 4 indele jak ja tam widzę maksymalnie 3 grupy w tym przypadku:
"CATG----ACAGA---ACCCGCG--CACGTTACAAACACTACGCGGGGTGGCCCCGG"
Możesz wytłumaczyć jak powstała ta tabelka z tego?

Udostępnij
Kopiuj link do postu Kopiuj link do postu jako Markdown
Komentuj
lion137
lion137
lion137
lion137
  • Rejestracja:około 8 lat
  • Ostatnio:3 minuty
  • Postów:4895
0

@javafxdev: Jest OK, x2to lista trzech stringów i porównujemy, pierwszy indel: 0 1 0, w pierwszym jest - 0, w drugim w tym samym miejscu nie ma kreski - 1, w trzecim nie ma, i tak dalej.
@adrian18: Jaki byłby wynik dla takich danych?:

Kopiuj
x2 <- c("CATG----ACAGAGCGACCCGCG--CACGTTACAAACACTACGCGGGGTGGCCCCGG",
        "CATGC-CGACAGAGCGACCCGCGAACACGTTACAAACACTACG---GGTGGCCCCGG",
        "CATG----ACAGA---ACCCGCG--CACGTTACAAACACTACGCGGGGTGGCCCCGG")

0 1 0, 0 0 0, 0 1 0, 1 1 0, 0 1 0, 1 0 1? Jeśli tak (jeśli nie to też :) ), to regex nie jest tu najlepszym pomysłem, lepiej potraktować to jako macierz i przeszukiwać po indeksie "w dół".

A1
Dla takich danych wynik powinien być następujący: 0 1 0, 0 0 0, 1 1 0, 0 1 0, 1 0 1.
lion137
Wytłumacz każdy wynik, w poście, nie w komentarzu.
Udostępnij
Kopiuj link do postu Kopiuj link do postu jako Markdown
Komentuj
Treść
Podgląd
Kliknij, aby dodać treść...
Kliknij, aby dodać załącznik lub wklej ze schowka.
Instrukcja obsługi Markdown
Pomoc 1.18.8

Typografia

Edytor obsługuje składnie Markdown, w której pojedynczy akcent *kursywa* oraz _kursywa_ to pochylenie. Z kolei podwójny akcent **pogrubienie** oraz __pogrubienie__ to pogrubienie. Dodanie znaczników ~~strike~~ to przekreślenie.

Możesz dodać formatowanie komendami , , oraz .

Ponieważ dekoracja podkreślenia jest przeznaczona na linki, markdown nie zawiera specjalnej składni dla podkreślenia. Dlatego by dodać podkreślenie, użyj <u>underline</u>.

Komendy formatujące reagują na skróty klawiszowe: Ctrl+B, Ctrl+I, Ctrl+U oraz Ctrl+S.

Linki

By dodać link w edytorze użyj komendy lub użyj składni [title](link). URL umieszczony w linku lub nawet URL umieszczony bezpośrednio w tekście będzie aktywny i klikalny.

Jeżeli chcesz, możesz samodzielnie dodać link: <a href="link">title</a>.

Wewnętrzne odnośniki

Możesz umieścić odnośnik do wewnętrznej podstrony, używając następującej składni: [[Delphi/Kompendium]] lub [[Delphi/Kompendium|kliknij, aby przejść do kompendium]]. Odnośniki mogą prowadzić do Forum 4programmers.net lub np. do Kompendium.

Wspomnienia użytkowników

By wspomnieć użytkownika forum, wpisz w formularzu znak @. Zobaczysz okienko samouzupełniające nazwy użytkowników. Samouzupełnienie dobierze odpowiedni format wspomnienia, zależnie od tego czy w nazwie użytkownika znajduje się spacja.

Znaczniki HTML

Dozwolone jest używanie niektórych znaczników HTML: <a>, <b>, <i>, <kbd>, <del>, <strong>, <dfn>, <pre>, <blockquote>, <hr/>, <sub>, <sup> oraz <img/>.

Skróty klawiszowe

Dodaj kombinację klawiszy komendą notacji klawiszy lub skrótem klawiszowym Alt+K.

Reprezentuj kombinacje klawiszowe używając taga <kbd>. Oddziel od siebie klawisze znakiem plus, np <kbd>Alt+Tab</kbd>.

Indeks górny oraz dolny

Przykład: wpisując H<sub>2</sub>O i m<sup>2</sup> otrzymasz: H2O i m2.

Składnia Tex

By precyzyjnie wyrazić działanie matematyczne, użyj składni Tex.

<tex>arcctg(x) = argtan(\frac{1}{x}) = arcsin(\frac{1}{\sqrt{1+x^2}})</tex>

Kod źródłowy

Krótkie fragmenty kodu

Wszelkie jednolinijkowe instrukcje języka programowania powinny być zawarte pomiędzy obróconymi apostrofami: `kod instrukcji` lub ``console.log(`string`);``.

Kod wielolinijkowy

Dodaj fragment kodu komendą . Fragmenty kodu zajmujące całą lub więcej linijek powinny być umieszczone w wielolinijkowym fragmencie kodu. Znaczniki ``` lub ~~~ umożliwiają kolorowanie różnych języków programowania. Możemy nadać nazwę języka programowania używając auto-uzupełnienia, kod został pokolorowany używając konkretnych ustawień kolorowania składni:

```javascript
document.write('Hello World');
```

Możesz zaznaczyć również już wklejony kod w edytorze, i użyć komendy  by zamienić go w kod. Użyj kombinacji Ctrl+`, by dodać fragment kodu bez oznaczników języka.

Tabelki

Dodaj przykładową tabelkę używając komendy . Przykładowa tabelka składa się z dwóch kolumn, nagłówka i jednego wiersza.

Wygeneruj tabelkę na podstawie szablonu. Oddziel komórki separatorem ; lub |, a następnie zaznacz szablonu.

nazwisko;dziedzina;odkrycie
Pitagoras;mathematics;Pythagorean Theorem
Albert Einstein;physics;General Relativity
Marie Curie, Pierre Curie;chemistry;Radium, Polonium

Użyj komendy by zamienić zaznaczony szablon na tabelkę Markdown.

Lista uporządkowana i nieuporządkowana

Możliwe jest tworzenie listy numerowanych oraz wypunktowanych. Wystarczy, że pierwszym znakiem linii będzie * lub - dla listy nieuporządkowanej oraz 1. dla listy uporządkowanej.

Użyj komendy by dodać listę uporządkowaną.

1. Lista numerowana
2. Lista numerowana

Użyj komendy by dodać listę nieuporządkowaną.

* Lista wypunktowana
* Lista wypunktowana
** Lista wypunktowana (drugi poziom)

Składnia Markdown

Edytor obsługuje składnię Markdown, która składa się ze znaków specjalnych. Dostępne komendy, jak formatowanie , dodanie tabelki lub fragmentu kodu są w pewnym sensie świadome otaczającej jej składni, i postarają się unikać uszkodzenia jej.

Dla przykładu, używając tylko dostępnych komend, nie możemy dodać formatowania pogrubienia do kodu wielolinijkowego, albo dodać listy do tabelki - mogłoby to doprowadzić do uszkodzenia składni.

W pewnych odosobnionych przypadkach brak nowej linii przed elementami markdown również mógłby uszkodzić składnie, dlatego edytor dodaje brakujące nowe linie. Dla przykładu, dodanie formatowania pochylenia zaraz po tabelce, mogłoby zostać błędne zinterpretowane, więc edytor doda oddzielającą nową linię pomiędzy tabelką, a pochyleniem.

Skróty klawiszowe

Skróty formatujące, kiedy w edytorze znajduje się pojedynczy kursor, wstawiają sformatowany tekst przykładowy. Jeśli w edytorze znajduje się zaznaczenie (słowo, linijka, paragraf), wtedy zaznaczenie zostaje sformatowane.

  • Ctrl+B - dodaj pogrubienie lub pogrub zaznaczenie
  • Ctrl+I - dodaj pochylenie lub pochyl zaznaczenie
  • Ctrl+U - dodaj podkreślenie lub podkreśl zaznaczenie
  • Ctrl+S - dodaj przekreślenie lub przekreśl zaznaczenie

Notacja Klawiszy

  • Alt+K - dodaj notację klawiszy

Fragment kodu bez oznacznika

  • Alt+C - dodaj pusty fragment kodu

Skróty operujące na kodzie i linijkach:

  • Alt+L - zaznaczenie całej linii
  • Alt+, Alt+ - przeniesienie linijki w której znajduje się kursor w górę/dół.
  • Tab/⌘+] - dodaj wcięcie (wcięcie w prawo)
  • Shit+Tab/⌘+[ - usunięcie wcięcia (wycięcie w lewo)

Dodawanie postów:

  • Ctrl+Enter - dodaj post
  • ⌘+Enter - dodaj post (MacOS)