Wyszukiwanie znaku od środka napisu w obie strony

adrian18

2020-06-29T22:39:51+02:00

Rejestracja: dni
Ostatnio: dni
Postów: 19

0

Witam,
mam sekwencję :

Kopiuj

---------------C----C---GT----GTR-GGK---AC-TGM-GGA-GGW--CATTGTCGAA-CATGCCCGACAGAGCGACCCGCGAACACGTTACAAACACTACGCGGGGTGGCCCCGGCTGCCTCGCGCGGAGGTGCTGCGGCTGAGTGCGCAAACTAGCTGCGCGCACGCTGTCCGTGCCACCTCCACTAACAGAACCCCGGCGCGGACTGCGCCAAGGAATAAAAAACGAATGAGAGCGAGCGCGCCCCCCTCGCCCCGGAGACGGTGCGCGATGGTGTGTGCCTCGCTGTCCATTGATAAACTAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAARAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAR-AATCCCGTGAATCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCTTCTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACGCAACGTCGCCGCCAACCCCACCCCTAGGGGCGGGAAGTTGGGGGCGGACTCTGGCCTCCCGTGCGCCTCGGCGCGCGGATGGCCTAAATTTCAGCTCCTGGCGAGGATCGCCACGACAAGCGGTGGTTTTTTGAACTAAGGACCTCGGGTGTTGTCGTGCGGCCTCCCGGAGGGAACGGACCCTGTGCGCTCGCGCACCATCCTATCGAGACCCCAGGTCAGTCGG--GAACACC-CGCTGAATTTAAGCATATCAATAAGCGGAGG'

Chciałbym zrobić wyszukiwanie znaku "-" od środka tej sekwencji do początku i na koniec, w obie strony. A następnie po znalezieniu pierwszego znaku od środka w lewą i prawdą stronę, usunąć to co się znajduje przed nim, żeby ostatecznie otrzymać coś w tym stylu:

Kopiuj

CATGCCCGACAGAGCGACCCGCGAACACGTTACAAACACTACGCGGGGTGGCCCCGGCTGCCTCGCGCGGAGGTGCTGCGGCTGAGTGCGCAAACTAGCTGCGCGCACGCTGTCCGTGCCACCTCCACTAACAGAACCCCGGCGCGGACTGCGCCAAGGAATAAAAAACGAATGAGAGCGAGCGCGCCCCCCTCGCCCCGGAGACGGTGCGCGATGGTGTGTGCCTCGCTGTCCATTGATAAACTAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAARAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAR-AATCCCGTGAATCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCTTCTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACGCAACGTCGCCGCCAACCCCACCCCTAGGGGCGGGAAGTTGGGGGCGGACTCTGGCCTCCCGTGCGCCTCGGCGCGCGGATGGCCTAAATTTCAGCTCCTGGCGAGGATCGCCACGACAAGCGGTGGTTTTTTGAACTAAGGACCTCGGGTGTTGTCGTGCGGCCTCCCGGAGGGAACGGACCCTGTGCGCTCGCGCACCATCCTATCGAGACCCCAGGTCAGTCGG

Czy istnieje jakaś funkcja, którą mógłbym wykorzystać?
Dziękuję za każdą odpowiedź

stivens

2020-06-29T22:44:36+02:00

Rejestracja: dni
Ostatnio: dni

0

Keyword: wyrazenia regularne

*Sorry, przeczytalem jeszcze raz i chodzi Ci o cos delikatnie innego. To nie mozesz zrobic dokladnie to co opisales? Przeiterowac sie w lewo i prawo zeby znalezc offsety?

https://stackoverflow.com/questions/663171/how-do-i-get-a-substring-of-a-string-in-python

ledi12

2020-06-30T12:12:15+02:00

Rejestracja: dni
Ostatnio: dni
Lokalizacja: Wrocław

2

Bez kombinowania.

Kopiuj

def spliter(string):
    splited = string.split("-")
    len_splited = ([len(x) for x in splited])
    return (splited[len_splited.index(max(len_splited))]+splited[len_splited.index(max(len_splited))+1])

e = "---------------C----C---GT----GTR-GGK---AC-TGM-GGA-GGW--CATTGTCGAA-CATGCCCGACAGAGCGACCCGCGAACACGTTACAAACACTACGCGGGGTGGCCCCGGCTGCCTCGCGCGGAGGTGCTGCGGCTGAGTGCGCAAACTAGCTGCGCGCACGCTGTCCGTGCCACCTCCACTAACAGAACCCCGGCGCGGACTGCGCCAAGGAATAAAAAACGAATGAGAGCGAGCGCGCCCCCCTCGCCCCGGAGACGGTGCGCGATGGTGTGTGCCTCGCTGTCCATTGATAAACTAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAARAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAR-AATCCCGTGAATCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCTTCTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACGCAACGTCGCCGCCAACCCCACCCCTAGGGGCGGGAAGTTGGGGGCGGACTCTGGCCTCCCGTGCGCCTCGGCGCGCGGATGGCCTAAATTTCAGCTCCTGGCGAGGATCGCCACGACAAGCGGTGGTTTTTTGAACTAAGGACCTCGGGTGTTGTCGTGCGGCCTCCCGGAGGGAACGGACCCTGTGCGCTCGCGCACCATCCTATCGAGACCCCAGGTCAGTCGG--GAACACC-CGCTGAATTTAAGCATATCAATAAGCGGAGG"
print(spliter(e))

Mózg

2020-06-30T15:16:22+02:00

Rejestracja: dni
Ostatnio: dni

0

O(n) time, O(1) extra space. 39 linii z testami.

Kopiuj

> grep -c '\S' catg.py
39
>

Co jest środkiem dla -A-C?

A jest bliżej środka.

Kopiuj

- A - C
0 1 2 3
   ^

Spearhead

2020-06-30T15:24:40+02:00

Rejestracja: dni
Ostatnio: dni
Postów: 1007

1

find wyszukuje od lewej, rfind od prawej. Wychodzi coś w rodzaju

Kopiuj

>>> s = '---------------C----C---GT----GTR-GGK---AC-TGM-GGA-GGW--CATTGTCGAA-CATGCCCGACAGAGCGACCCGCGAACACGTTACAAACACTACGCGGGGTGGCCCCGGCTGCCTCGCGCGGAGGTGCTGCGGCTGAGTGCGCAAACTAGCTGCGCGCACGCTGTCCGTGCCACCTCCACTAACAGAACCCCGGCGCGGACTGCGCCAAGGAATAAAAAACGAATGAGAGCGAGCGCGCCCCCCTCGCCCCGGAGACGGTGCGCGATGGTGTGTGCCTCGCTGTCCATTGATAAACTAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAARAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAR-AATCCCGTGAATCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCTTCTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACGCAACGTCGCCGCCAACCCCACCCCTAGGGGCGGGAAGTTGGGGGCGGACTCTGGCCTCCCGTGCGCCTCGGCGCGCGGATGGCCTAAATTTCAGCTCCTGGCGAGGATCGCCACGACAAGCGGTGGTTTTTTGAACTAAGGACCTCGGGTGTTGTCGTGCGGCCTCCCGGAGGGAACGGACCCTGTGCGCTCGCGCACCATCCTATCGAGACCCCAGGTCAGTCGG--GAACACC-CGCTGAATTTAAGCATATCAATAAGCGGAGG'
>>> left_index = s[:len(s)/2].rfind('-')
>>> right_index = s[len(s)/2:].find('-')
>>> s[left_index+1:len(s)/2+right_index]
'CATGCCCGACAGAGCGACCCGCGAACACGTTACAAACACTACGCGGGGTGGCCCCGGCTGCCTCGCGCGGAGGTGCTGCGGCTGAGTGCGCAAACTAGCTGCGCGCACGCTGTCCGTGCCACCTCCACTAACAGAACCCCGGCGCGGACTGCGCCAAGGAATAAAAAACGAATGAGAGCGAGCGCGCCCCCCTCGCCCCGGAGACGGTGCGCGATGGTGTGTGCCTCGCTGTCCATTGATAAACTAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAARAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAR'