Na windowsie jest jeden bit w pliku exe i jak jest ustawiony na 0 czy 1, to odpala się konsola, a w przeciwnym wypadku gui aplikacja i tej konsoli nie będzie.
Pewnie wygenerowałeś gui aplikację, zamiast konsoli i ten jeden bit jest zmieniony, na pamiętam, w którym miejscu.
Ale jak skompilujesz w jednym i drugim przypadku cli/gui aplikację i zrobisz diff to znajdziesz szybko, ten jeden bit, który mówi systemowi przy tworzeniu procesu czy ma to być gui, czy cli i ma stworzyć konsolę i przekierować wejścia.
Możesz też samodzielnie stworzyć konsole jest od tego winapi.
jakieś
AllocConsole();
freopen("CONOUT$", "w", stdout);
freopen("CONIN$", "r", stdin);