Użyj https://github.com/newren/git-filter-repo , żeby usunąć z całej historii gita całą resztę katalogów (możesz też zrobić inne rzeczy np. przenieść wszystko do innego katalogu). Następnie robisz merge/rebase w docelowym repo i voila
Wszystko zależy co chcesz osiągnąć. Jak chcesz rozwijać oba repo dalej to wspomniane submodule/subtree ale jest to upierdliwe w utrzymaniu. Jak chcesz przenieść na amen tak, że nowe zmiany idą tylko do nowego repo to zrób jak pisałem. Oczywiście taka operacja zmienia hashe commitów, więc jeśli ci na tym zależy to możesz po prostu zmergować jedno repo z drugim i modlić się, żeby nie było konfliktów. Potem możesz w kolejnym commicie poprzenosić wszystko tak jak chcesz. Wada jest taka, że w historii masz pliki, których nie chcesz