Nie widząc kodu ciężko coś napisać, ale rzuciła mi się w oczy jedna rzecz - oba okienka wyglądają inaczej. I nie chodzi o rozmieszczenie Twoich elementów, tylko o to, co oferuje system - przyciski paska tytułowego, ikonka czy nawet nazwa okna "Form1".
Wydaje mi się, że masz pomieszane sposoby pozycjonowania elementów - np. łapki są rozciągnięte/dopasowane do rozmiaru okna, ale przyciski masz na sztywno wpisane jakieś 300px od lewej krawędzi. I jak uruchamiasz na innym systemie - gdzie masz inną rozdzielczość, albo np. skalowanie inne niż 100% to elementy się różnie zachowują, skoro (prawdopodobnie) ich pozycje są inaczej ustalone - część względnie, część bezwzględnie.